В моем скромном представлении мы уведомим регистратора два раза - в момент начала реорганизации с приложением листа записи о ее начале и в момент окончания реорганизации. Регистратор, конечно, будет знать о том, что у нас будет проходить "нестандартная" реорганизация. Но делать он, по моему мнению, ничего негативного для нас не будет.
Что касается ЦБ, то его мы уведомим о факте погашения ценных бумаг с приложением, в том числе, выписки(!) из ОСА. Дабы не дразнить регулятора;-)
Так что, в моем представлении, никто, кроме регистратора, ничего лишнего знать не будет.
Интересует именно вопрос "куда деваются акции лиц, которые не предъявят требования о выкупе в установленный законом срок". Повторюсь, что считаю, что конвертировать их в доли ООО с последующим зачислением на мажоритария в корне неверно.
По поводу "компенсации" миноритариям. Идти в суды будет очень дорого для них. Надеюсь, что в случае появления такого миноритария после проведения реорганизации, получится откупиться от него наличными денежными средствами;-)