При реорганизации ЗАО в ООО филиал пропал т.е . его не прописали в новом уставе.
Т.к. у вас возникло новое ЮЛ даже с учетом правопреемства, в уставе верно не прописан филиал
видимо, вы не включили его в 12 форму
по логике ЗАО ликвидировано вместе с филиалом, в ООО его не открывали, на мой взгляд, все сделано верно в части регдействий
а в части имущества филиала и его закрытия - это надо было отразить в Протоколе (Решении) о рео и в ПА
На основании ПА преемнику (ООО) передаются имущество и обязательства. Дата составления документов и отчетная дата (дата внесения в ЕГРЮЛ), на которую составляется последняя бухотчетность, зачастую не совпадают.
Сведения об имуществе и обязательствах, указываемые в последней бухотчетности реорганизуемой организации, могут не соответствовать отраженным в ПА.
Возникающие в этот период изменения в стоимости передаваемого имущества и обязательств
следует раскрывать в пояснительной записке к промежуточной и (или) годовой бухотчетности, заключительной бухотчетности либо в уточнениях к ПА (п. 10 Методуказаний по формированию бухотчетности при осуществлении реорганизации организаций, утв. пр. Минфина от 20.05.2003 N 44н).
Но я бы еще проконсультировалась в ИФНС