Если посмотреть на ситуацию с другой стороны, то заявление подаётся о смене руководителя. В момент, когда его подписывает прежний руководитель, смена ещё не произошла и обязанность заявлять об этом ещё не возникла.
Устав менять не обязательно, если Договором о присоединении этого не предусмотрено. Если очень хочется поменять - достаточно добавить где-нибудь в Уставе абзац про то, что Общество является правопреемником присоединённых обществ.
Если покопаться в истории внедрения типовых уставов в России, то можно заметить, что своим появлением у нас они обязаны и армейской смекалке. Например, для учреждений в Гражданском кодексе РФ ввели возможность использования не просто типовых, а ЕДИНЫХ типовых уставов, поэтому генералитет, заманавшийся утверждать одинаковые уставы для воинских частей, ещё пару лет назад издал Приказ Росгвардии от 2...
В вашем случае бенефициарным владельцем может быть признан единоличный исполнительный орган ЗАО.Обратите внимание, что такое закольцовывание рискованно. Если Директорам ООО "Роммашка" и ООО "Картошка" будут в тягость указания от Директора ЗАО, то они могут договориться и сменить Директора ЗАО.
У Общества свои собственные права и обязанности, в этом смысл юридического лица. Если оно их часть передаёт по договору или вследствие решения о реорганизации, права и обязанности участников общества не обязательно меняются и никогда так просто не прекращаются. Грубо говоря, для прекращения участия нужны свои юридические факты, решение о реорганизации в форме выделения к таким не относится.
Введение типового устава выглядит как раз такой одной, но системной ошибкой, из-за неправильного понимания сути и необходимости устава. Для упрощения задачи регистрации можно было предусмотреть возможность для общества действовать вообще без устава, когда все его общие параметры описаны в законе, а индивидуальные в ЕГРЮЛ. Для добавления обществу дополнительной индивидуальности хватало бы одного ...
Муниципалитеты себе бесхозное приберут вроде без проблем. С "государствами" же у нас может быть чехарда - делёжка между федерацией и республиками.
Интересно, что по отказам, связанным с вышеупомянутыми подпунктами "а" и "ц", вышестоящие органы жалобы рассматривать не будут, и повторно обратиться с жалобой нельзя (см. пп. "е" п. 1 и п. 3 ст. 25.5 Федерального закона "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей").