в соответствии с п. 2.2. той же статьи 18 удостоверяющий центр (УЦ) должен запрашивать "выписку из ЕГРЮЛ в отношении заявителя юридического лица". Таким образом если УЦ, запросив Выписку, не увидит там данных на нового директора, то и выпустить ЭЦП не сможет. То, о чем Вы пишете, подходит для того случая, когда за ЭЦП обращаются после проведения всех изменений.