Мы на месте, а налоговая говорит что нас нет. Что делать?!

н знаю как налоговая. Как я делал когда был в ...внутренних органах. Приходило отдельное поручение - опросить на адресе гражданина Пупкина. Естественно на хрен мне сдалось ноги топтать. Поэтому писался рапорт-Я. такой то сякой то в рамках исполнения отдельного поручения сякого то гражданина Пупкина по адресу такому то не обнаружил. Подписьдата.

Ок, тогда второй вопрос. А в какую налоговую идти. В районную или 46?

В районную.

в территориальную

Я бы вам посоветовал сделать фото помещения, в котором находится гендир, фото двери кабинета, желательно с номером кабинета и табличкой с названием фирмы, фото самого здания, фото здания с табличкой номера дома. Желательно фото в цвете. Составляете акт фотосъмки в свободной форме за подписью гендира и двух сотрудников компании, а лучше, если еще в дополнение будет подпись гендира фирмы-собственника с печатью. В акте указываете место дату и время произведения фотосъемки, а также название и модель фотоаппарата, смартфона.
Таким образом вы сделаете работу налоговиков сами и заранее. Если инспектор убедиться, что гендир не номинал, что он реально работает в конкретном помещении по данному адресу, то все должны пропустить. Предложите инспектору позвонить на месте на адрес, а сами заранее предупредите кого-либо из сотрудников о звонке.

Хорошая идея. Но тогда получается мне просто стоит забить на этот отказ и заново податься?! А таким образом просто заранее районников подготовить?

На отказ забивать как раз не стоит. Стоит обжаловать и приложить к жалобе фото помещения с составленным актом. А также в жалобе прописать готовность гендира явиться на беседу.

как приблизительно должен выглядеть данный акт?

Можно попробовать запросить у собственника два гарантийных письма: одно для 46 ИФНС, другое для вашей, территориальной. С этими 2-мя письмами идете в территориальную, сдаете письмо в территориальную, а на втором (которое в 46 ИФНС) пусть ставят отметку о получении. И сдаете комплект документов с данным гарантийным письмо в 46

На прием к начальнику могут и не пустить. Мы намучились с этим по похожему делу в 34 налоговой: записаться -говорят, только через приемную начальника по телефону, а те тупо не записывают. Не хотят. Говорят: жалуйтесь.Максимум - это начальник отдела по регистрации и учета налогоплательщиков. Если повезет - к какому-нибудь заму начальника инспекции. 
Наш недавний опыт в Москве. Наш директор с бухгалтером туда ходили, при личной встрече, вроде, все вежливые, но итог, что с начальником инспекции мы так и не встретились. 
Было ещё смешно, что нам ставили в укор, что при "проверке" не было на месте директора, мы отвечали, он что жить на работе должен, вы же не предупреждали, что придете. Те: типа должны были сделать приказ на ИО на время отсутствия (ага, каждый раз его выписывать, когда идешь на обед). Ответили, что Ваш начальник тоже как бы с нами не встречается в приемные дни. Значит, Вы тоже не находитесь по адресу по такой логике. Немного успокоились. В итоге, хотели по хорошему, но пришлось обжаловать отказ.
Если повезет, то договоритесь с начальником отдела и зарегистрируют. Если будут завтраками кормить, то проще сразу обжаловать отказ в УФНС, приложив фотоотчет, договор аренды, гарантийку от собственника, а также можно попросить письмо от него, что к нему территориальная инспекция не обращалась. У нас при отказе территориальная налоговая сказала, что собственник про нас не дал подтверждения (естественно, такого не было, это проверяли).

Мы смогли зарегистрировать новый адрес только через жалобу в УФНС  по Москве. Походы в территориальную налоговую ни к чему не привели. Подавайте жалобу, прикладывайте к жалобе фото, договор аренды, платежки по аренде (если уже были), письмо от арендодателя, то вы находитесь по адресу

А как долго рассматривается жалоба. И есть ли у нее установленная форма

15 рабочих дней по закону. Формы нет. Есть требования к ее содержанию (ст.25.4. Закона о госрегистрации)

Вот тут похожий случай, и есть образец жалобы http://regforum.ru/posts/3711_smena_yuridicheskogo_adresa_v_predelah_mestanahozhdeniya_yuridicheskogo_lica/

Вам нужно было при подаче заявления на новый адрес продублировать  документы, подтверждающие обоснованность адреса ( договор аренды, свидетельство о собственности, согласие арендодателя) с письмом  в налоговую инспекцию по месту нахождения нового адреса.Но и при этом мог быть отказ. Потому что нужно представителю лично идти в налоговую и объясняться. У вас уже есть отказ -  если вы не хотите затягивать дело и жаловаться в вышестоящую налоговую, нужно подавать новый пакет документов и новое заявление и одновременно идти в налоговую по месту нахождения нового адреса на прием к начальнику отдела регистрации и учета налогоплательщиков со всеми подтверждающими документами.  Он вносит  в базу  ЕГРЮЛ запись о том, что адрес подтвержден, достоверный. И, кстати, налоговая может звонить вашему арендодателю, нужно его предупредить, чтобы был готов подтвердить, что ваша организация действительно арендует площади. 

Мы ходили в территориальную налоговую на прием к руководству 3 раза вместе с директором и представителем арендодателя. Все эти походы ни к чему не привели. Нам напрямую говорили, что "ищите другой адрес, по этому адресу мы вас не зарегистрируем". Причем, договор у нас реальный и оплаты уже были и письма были от собственника о том, что мы находимся по адресу и из налоговой собственнику никто не звонил...мы были уже готовы идти в суд, но дело завершилось в УФНС :)

Наверное, бывает, и так... Налоговая иногда видит налогоплательщика в базе и он ее не устраивает..., например, по уплате налогов или по убыткам,   и тогда возникает такие препоны. Тут только вышестоящая может вмешаться.

Идёте в опер. Отдел. Территориальной фнс.  Подаёте договора аренды и свидетельство 

, после подаёте на регистрацию.  После подачи привозите им копию расписки чтобы в программе подтвердили. У нас все проходило.

а вы знаете сроки обжалования?и срок гос. регистрации изменений?

Сообщение от PrimeL

«а вы знаете сроки обжалования?и срок гос. регистрации изменений?»

а какая связь?

второй раз подавать