Пока читал комментарии, как раз об этом тоже подумал. По действующему уставу, оба директора действуют совместно и подпись одного без другого силы не имеет. Можно провести аналогию, например, с договором. Получается, что договор от имени Общества подписывают же оба директора, т.к. эта обязанность по уставу. А чем заявление в налоговую хуже? Мне кажется, достаточно логичное замечание ФНС, что раз уж...