Но изменения вносит не физик, а лицо, избранное единоличным исполнительным органом. И регистрирующий орган на этом настаивает. А он (этот самый орган) тоже является третьим лицом. Тогда изменения должен вносить старый директор.

На мой взгляд, логика такова: если заявление о государственной регистрации по правилам регистрирующего органа должен  удостоверять новый руководитель, то таким образом налоговая подтверждает, что, он, как новый руководитель, вправе осуществлять полномочия единоличного исполнительного органа с момента своего избрания . Тогда почему он не может подписывать заявление своей ЭЦП? Ведь ЭЦП - это аналог ...

Да, наследство получилось хлопотное.

Было бы логично закрывать в том же порядке, как открывали.

Прекрасное решение! И никаких чудес, все по закону. Думаю, и налоговая знала, что все по закону. Но у нее были свои, не ведомые нам мотивы.

А в области в период приостановки еще дают заявление на отзыв заявления о регистрации на домашний адрес на основании якобы незаконности такой регистрации. Если не повестись, то по истечении 30 дней дом.адрес регистрируют.

Приостановку, как правило, делают. Если потом будет отказ, будете жаловаться в управление ФНС по новому региону.

А если на ней еще была и недвижимость, причем сданная в аренду, то проблема разрастается до небес.

Про доверенность не забыли. См. абзац 2 ответа

Отсутствие задолженности территориальная налоговая должна была проверять, как и все кредиторы, в течение двух месяцев после публикации в Вестнике. Пишите жалобу.