ВАС РФ частично признал положения письма Минфина Российской Федерации за номером 03-07-15/56 — не действительными.
Спорные моменты вызвало положение, затрагивающее восстановление сумм НДС по приобретенным ОС в случае, если они использовались для выполнения операций, подлежащих налогообложению по нулевой ставке.
В письме Минфина было указано, что налогоплательщики обязаны восстанавливать принятые к вычету суммы налога на добавленную стоимость. Речь шла об основных средствах, которые используются налогоплательщиками для производства товаров в качестве средств труда.
По мнению противоположной стороны, в налоговом законодательстве нет указания на обязанность восстанавливать суммы налога на добавочную стоимость, если основные средств в дальнейшем используются в ходе изготовления товаров, реализуемых с применением нулевой налоговой ставки.
В своем решение ВАС РФ поясняет, что под правила восстановления НДС в отношении основных средств попадают лишь средства труда (товары и услуги), которые реализуются по налоговой ставке ноль процентов. Эти правила не применимы к основным средствам, которые налогоплательщик использует в процессе производства товаров, поскольку в действующей норме НК РФ отсутствует об этом упоминание.