Добрый день, коллеги!
Минфин в письме от 26 августа 2022 г. № 03-04-05/83541 указал, что, если организация является источником дохода для физлица, организация признается налоговым агентом и должна исчислить, удержать и уплатить НДФЛ.
Однако если это физлицо является плательщиком налога на профессиональный доход, или самозанятым, и сотрудничает он с организацией именно как самозанятый, то исчислять НДФЛ тут не нужно, он от него освобожден (по доходам, облагаемым НПД).
В общем-то это и так было понятно из части 8 статьи 2 Федерального закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ, но раз вопрос задали, в Минфине на него отдельным письмом ответили.